Държавата не може да продължава да плаща на частнопрактикуващите лекари за изпълнение на Имуно-профилактичната програма, тъй като това противоречи на европейското законодателство.
Чл. 10 от Регламент (ЕО) № 1857/ 2006 (приложен по-долу) гласи, че това е държавна помощ “предоставена за компенсиране разходите на земеделски стопани по предотвратяване и унищожаване на болести по растения и животни или на нашествия от вредители, направени за медицински прегледи, изследвания и други скринингови мерки, закупуване и прилагане на ваксини...”. Според изискванията на регламента такъв тип помощ може да се прилага реално до четири години след влизането на България в Европейския съюз.
Поради тази причина на частнопрактикуващите ветеринарни лекари бе предложено да сключат индивидуални договори за маркиране на животните и за въвеждане на данните в информационната система на Националната ветеринарномедицинска служба, както и за издаване на документи за движение на животните.
С предстоящите промени в Закона за ветеринарномедицинската дейност фермерите ще получат възможност сами да избират кои ветеринарни лекари да ги обслужват, ще сключват договори с тях и ще заплащат за услугите им. Само за последните две години за работата на частите ветеринари държавата им и е изплатила над 23 млн. лева.