Първата комисия за оценка на стратегиите допуска сериозен пропуск в работата си като не посочва задължителните мотиви към крайното класиране. По тази причина зам.-министър Боянова в качеството си на ръководител на Програмата за развитие на селските райони назначава нова комисия, тъй като липсата на изрични мотиви за определяне оценката по конкретните критерии поставя под съмнение обективността при определянето на индивидуалните оценки, а също така не предоставя възможност за изготвянето на мотивиран доклад до министъра на земеделието и храните за одобрение или отхвърляне на всеки един от кандидатите. В допълнение, липсата на детайлна, задълбочена и добре обоснована мотивировка е в разрез с ПРСР, където изрично е посочено, че трябва да се извършва детайлна оценка на постъпилите предложения.
Също така, в първата комисия са установени и редица административни пропуски и неокомплектоване на документите, на база на които се извършва финалната оценка и класиране на МИГ. Заместник-министър Боянова, в качеството си на контролиращ работата на комисията за избор, е предприела действия за защита финансовите интереси на ЕС, спазването на принципа за добро финансово и целесъобразно управление на средствата, съгласно които всеки разход по ПРСР трябва да е обоснован.
Промените в комисиите са направени с цел ускоряване на работата по избор на стратегии, тъй като преди това от 2008 г. не са усвоявани средства по ЛИДЕР.